Klaus Hüfner, geboren in Berlin, studierte Volkswirtschaftslehre, Soziologie und Politikwissenschaft an der Freien Universität Berlin, der London School of Economics, dem Institut des Hautes Etudes Internationales in Genf und der Princeton University. Er promovierte 1969 zum Dr. rer. pol. in Volkswirtschaftslehre.
Zwischen 1964 und 1974 arbeitete Hüfner als wissenschaftlicher Mitarbeiter am Max-Planck-Institut für Bildungsforschung in Berlin. In den folgenden sechs Jahren war er als Professor für Volkswirtschaftslehre an der Pädagogischen Hochschule Berlin tätig und von 1980 bis 2002 hatte er eine Professur für Volkswirtschaftslehre an der Freien Universität Berlin inne. Im Laufe der Jahre forschte er zudem an der Stanford University, der University of Melbourne, der Osaka University, dem Internationalen Institut für Bildungsplanung (IIEP) und dem Internationalen Friedensinstitut in Wien.
Hüfner war in vielen Gremien und Ausschüssen tätig. Unter anderem war er Mitglied des Exekutivrats der Deutschen Gesellschaft für die Vereinten Nationen, des Exekutivkomitees der World Federation of United Nations Associations (WFUNA), des Governing Board des Internationalen Instituts für Bildungsplanung (IIEP) und des Politischen Beirats des Auswärtigen Amtes der Vereinten Nationen. Von 1982 bis 2010 war er Mitglied des Vorstands der Deutschen UNESCO-Kommission (1989-1998: Vizepräsident; 1998-2002: Präsident) und von 1994 bis 2009 Mitglied des Beirats der UNESCO-CEPES, Bukarest (1998-2009: Vorsitzender).
Er ist Träger der Dag-Hammarskjöld-Medaille der deutschen Gemeinschaft für die Vereinten Nationen. Außerdem ist er Ehrenpräsident des Weltverbands der Gesellschaften für die Vereinten Nationen, Ehrenmitglied der UNESCO-Welterbestätten Deutschland und der Deutschen UNESCO-Kommission sowie Ehrenpräsident des Berliner Komitees für die UNESCO.
Hüfner hat über 50 Bücher und mehr als 200 Artikel verfasst und publiziert. In seinen schriftlichen Arbeiten behandelte er das UN-System, UN-Finanzen, UN-Reformen und verwandten Themen. Sein Buch zum Thema Menschenrechtsverletzungen ist in über zwanzig Ausgaben in zwölf Sprachen erschienen. Einige wichtige Bücher aus jüngster Zeit sind: Multilaterale Bildungsfinanzierung durch das UNO-System (2011), Peanuts für die UNO- Das deutsche Finanzengagement seit 1960 (2008), UNESCO und Menschenrechte (2008), Die Finanzierung des UNO-Systems (2. Auflage, 2006), und - zusammen mit Jens Martens - UNO-Reform zwischen Utopie und Realität (2000).